Poren auszählen mit ImageJ ?

[güntherdorn]

weiter unten der beitrag mit ergebnis

[d65]

Hallo Günther,

da hast Du sicher recht. Es gibt aber auch einiges auf Deutsch zum Programm. Z.B. https://www.edv-buchversand.de/productinfo.php?replace=false&cnt=productinfo&mode=2&type=2&id=sp-04603&index=2&nr=0&window=edvbv&art=Blick%20ins%20Buch oder https://www.youtube.com/playlist?list=PLcNquyCm_N7QTjVhS8ND2KjHJSJydWpKi oder https://docplayer.org/26900222-Imagej-bildanalyse-bearbeitung.html. Fraglos ist das sehr viel weniger als auf Englisch zur Verfügung steht, aber für einen Einstieg vielleicht doch hilfreich. Erstaunlicherweise führt inzwischen auch Google Translate und Konsorten manchmal zu ganz brauchbaren Ergebnissen.

Liebe Grüße

Steffen

[Bernd Miggel]

Hallo,

dieser Videokurs in 9 Teilen ist auch in deutsch:  https://www.youtube.com/watch?v=u2kllG_Jg88&list=PLA51A289281621A93&index=1&t=4s

L.G. - Bernd

[güntherdorn]

ich danke euch !!

steffen:
aber leider alles nur für und über programmierung. für mich schlimmer als chinesisch  .

bernd:
1.teil zum einfachen objekte-zählen, "schritt-für-schritt" fertig.
wer´s als txt-datei als 16-punkte-liste haben will: per email anfragen.

irre was das programm alles noch an bildauswertung machen kann !!
danke!
ps.: ich sehe, dass alle hier IT´ler sind

ciao, vom bodensee und mir (güntherdorn)

[Florian D.]

Hallo,

nachdem hier ohnehin schon die FFT als Methode zum Glätten in ImageJ vorgeschlagen wurde, frage ich mich, ob sich der Mittlere Abstand zwischen den Punkten nicht direkt aus der Lage der Maxima im Fourier-transfomierten Bild ableiten lässt. Das sollte schneller und genauer als Zählen funktionieren. Du kannst das FFT Bild ja direkt mit dem eines Objektmikrometers eichen.

Viele Grüsse
Florian

[Florian D.]

Jetzt hab ich das mal ausprobiert.
1. Mit Image -> Adjust -> Size 1024x1024 ausgewählt (Dimensionen müssen eine Potenz von 2 sein)
2. Process -> FFt -> FD Math -> Convolute, dies Berechnet die Autokorrelationsfunktion, aus der sich der mittlere Abstand zwischen den Poren bequem ablesen lässt.
3. Linie durch die Hauptmaxima ziehen und mit Analyze -> Plot Profile das Intensitätsprofil entlang dieser Linie zeichnen. Daran kann die Lage der Maxima exakt abgelesen werden.

Viele Grüsse
Florian

[Bernd Miggel]

Hallo Florian,

wie errechnet sich aus deinen Angaben der mittlere Abstand zwischen in Poren pro mm² oder in Poren pro mm?
Ich bin, wie so viele, mathematischer Laie. 

L.G. - Bernd

[rlu]

Habe gerade gesucht, das Buch heißt:
Digitale Bildverarbeitung von Burger, Wilhelm / Burge, Mark James   
Eine algorithmische Einführung mit Java
Kostet 59,99€
Digitale Bildverarbeitung
Eine algorithmische Einführung mit Java
Bearbeitet eine Menge anderer Themen zur digitalen Bildverarbeitung.
Die Leseprobe ist sehr hilfreich.


Hier das Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis von Digitale Bildverarbeitung

•Digitale Bilder•ImageJ•Histogramme•Punktoperationen•Filter•Kanten und Konturen•Auffinden von Eckpunkten•Detektion einfacher Kurven•Morphologische Filter•Regionen in Binärbildern•Automatische Schwellwertoperationen•Farbbilder•Farbquantisierung•Colorimetrische Farbräume•Filter für Farbbilder•Kanten in Farbbildern•Kantenerhaltende Glättungsfilter•Einführung in Spektraltechniken•Diskrete Fouriertransformation in 2D•Diskrete Kosinustransformation (DCT)•Geometrische Bildoperationen•Interpolation•Bildvergleich•Elastischer Bildvergleich•Skaleninvariante Bildmerkmale (SIFT)

Dann müßte ich es nur noch zum Laufen bringen....

LG
Rudolf

[Florian D.]

Hallo Bernd,

Der Abstand des ersten Nebenmaximums vom Hauptmaximum sollte dem Abstand der Poren in dieser Richtung entsprechen.
Ich finde etwa 130 Pixel, und 2 mm entsprechen 1024 Pixel. D.h. in der Richtung des geringsten Abstands beträgt dieser d=130/1024*2 mm=0.25 mm.
Um die Anzahl pro Fläche zu bekommen, verbinde ich die nächsten Maxima miteinander. Die Fläche dieses Polygons sollte der von 4 Poren entsprechen.
Analyze -> Measure liefert einen Wert von 57824 Pixel. Das Gesamte Bild von  4 mm^2 Fläche hat 1024*1024 Pixel.
Mit dem Dreisatz findet man also ca 18.1 Poren pro mm^2.
Wäre interessant ob auch das Seitenverhältnis und die Form dieses Polygons zwischen den Arten variiert.

PS: Ich habe keine Ahnung, ob das Alles korrekt ist.

Viele Grüsse
Florian

[jcs]

Hallo Florian,

das ist ja ein recht raffinierter und unkomplizierter Ansatz, klingt sehr vernünftig.

Die Fouieranalyse ist schon eon sehr hilfreiches Tool, einerseits für ein systematischeres Verständnis der Bildentstehung im Mikroskop, andererseits, wie man sieht, auch für die Bildauswertung. Vielleicht sollte man einmal eine spezifische Zusammenstellung "Fourieranalyse für Mikroskopiker" erstellen, wäre sicher sehr hilfreich. Die meisten Bücher zu dem Thema sind sehr umfangreich und streifen die Mikroskopie dennoch nur am Rande.

Jürgen

[Florian D.]

Den mittleren Abstand der Poren bekommt man so sicher relativ einfach. Ob man allgemein auch die gesuchte Flächendichte so ermitteln kann habe ich jetzt einige Zweifel.
Das geht sicher besser bei periodischen Strukturen, wie z. B. Diatomeen.
Hier eine FFT eines Bildes von Peter-h:
https://www.mikroskopie-forum.de/index.php?topic=982.0

Viele Grüsse
Florian

[Bernd Miggel]

Hallo Florian,

normalerweise reicht bei Porlingen die Angabe "Anzahl Poren pro mm", was ja hier recht einfach zu ermitteln wäre.
Wenn ich deine Grafik zu Grunde lege, messe ich einen Abstand von 118 Pixeln zwischen dem Hauptmaximum und dem ersten Nebenmaximum. Anzahl Pixel pro mm wäre dann (2 * 118) / 1024 = 4,3, was nach der Literatur für die Porlingsart Cinereomyces lindbladii gut hinkommt.

L.G. - Bernd

[Bernd Miggel]

Hallo Florian,

Jetzt habe ich mal versucht, deine Schritte nachzuvollziehen:

1. Mit Image -> Adjust -> Size 1024x1024 ausgewählt (Dimensionen müssen eine Potenz von 2 sein)
► Ergebnis = 1. Bild unten.

2. Process -> FFt -> FD Math -> Convolute, dies Berechnet die Autokorrelationsfunktion, aus der sich der mittlere Abstand zwischen den Poren bequem ablesen lässt.
► Ergebnis = 2. Bild unten.

3. Linie durch die Hauptmaxima ziehen und mit Analyze -> Plot Profile das Intensitätsprofil entlang dieser Linie zeichnen. Daran kann die Lage der Maxima exakt abgelesen werden.
?? Verstehe ich nicht: Mit welchem Werkzeug von ImageJ und wo genau soll ich eine Linie ziehen?!


L.G. - Bernd

[Florian D.]

Hallo Michel,

oben in der Leiste sind doch so Rechtecke, Ovale und eben auch eine Linie.

Gruss
Florian

[Florian D.]

Ah, statt convolute sollte es correlate heissen!