Poren auszählen mit ImageJ ?

[d65]

Hallo Bernd,
keine Ahnung was der // bedeutet - den macht der Macro-Recorder da so rein..... Definiert 'Parameter-Wert' oder so

ich schreib die Menus einfach mal dahinter, also hinter das semikolon.

Vor allem anderen: Image - Duplicate. Dann geht es schneller, wenn man von vorne anfangen muss.

run("8-bit"); Image-Type-8 bit
run("Invert"); edit invert
run("Gaussian Blur...", "sigma=2"); Process - Filters - Gaussian Blur: Bei Sigma 2 eintragen (rumspielen könnte lohnen)
setThreshold(164, 255); Image - Adjust - Threshold: hier den Wert 164 einstellen - oder halt einen anderen (255 sollte als obere Grenze vorgewählt sein, kann man ändern. Dann auf apply clicken. Die nächsten drei Befehle sind im Prinzip das.
//setThreshold(164, 255);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity show=Outlines display clear summarize add"); Analyze - Analyze Particles. Hier hab ich eine Mindestgröße von 50 pixeln (50-Infinity) eingestellt, das erschien mir sinnvoll. Man kann auch eine obere Grenze einstellen, um zu große auszusortieren. Kann man aber auch in der Ergebnisliste noch machen (in Excel oder Calc sortieren)

Wenn Du in Plugins-Macros-Record den Recorder einschaltest wird alles was Du machst mitgeschrieben. Wenn Du dann die Menu-Befehle eingibst sollte das Macro rauskommen, was ich oben eingefügt habe.

Liebe Grüße
Steffen

[Bernd Miggel]

Super Steffen, danke!

werde ich mir morgen genau ansehen.

Liebe Grüße
Bernd

[Bernd Miggel]

Hallo Steffen,

nach deiner Methode bekomme ich 789 bzw. 738 Poren auf der Fläche von 36 mm², je nachdem, ob ich die Randporen mitzähle oder nicht. Nimmt man davon den Mittelwert 764, dann bekommt man 4,6 Poren pro mm (4-6 lt. Literatur).
Wenn man das Verfahren der lokalen Maxima (Micha) anwendet, kommt man etwa zum gleichen Ergebnis.

L.G. - Bernd

[Bernd Miggel]

Hallo zusammen,

jetzt habe ich auf das selbe Porenbild die von Florian vorgeschlagene Methode der Autokorrelationsfunktion angewendet.
Oben = Ausgangsbild
Mitte = Frequenzbereich mit Gerade durch die Hauptmaxima
Unten = Profil

Ergebnis: Die Hauptmaxima sind 0,22 mm von einander entfernt. ► 4,5 Poren pro mm, was im Vergleich mit der Literatur gut hinkommt!

Viele Grüße
Bernd